保底工资与五险的处理过程中，可能存在以下法律风险：
1. 社保待遇受损风险：若单位未按保底工资作为缴费基数（如按最低标准缴纳），会导致员工社保账户累计额减少，影响退休后的养老金金额。例如，员工保底工资5000元，单位却按3000元基数缴费，长期下来养老金会比正常缴费少约20%；
2. 劳动仲裁时效风险：若因保底工资扣除五险问题与单位产生争议，需在知道权益受损之日起1年内申请劳动仲裁，超过时效可能无法通过法律途径维权。例如，员工2023年1月发现单位少缴社保，2024年2月才申请仲裁，可能因时效过期被驳回。
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处理保底工资与五险的问题时，需避免以下常见错误操作：
1. 忽视合同约定直接默认“保底工资为税后”：若合同未明确约定，单位有权扣除五险个人部分，员工可能因误解导致实发工资低于预期，引发不必要的纠纷；
2. 未核对工资条与社保记录：部分单位可能存在缴费基数与保底工资不符的情况（如按最低基数缴费），员工若未及时核对，可能影响养老、医疗等社保待遇；
3. 直接拒绝单位代扣行为：五险个人缴纳是法定义务，员工无权拒绝单位代扣，强行拒绝可能导致社保断缴，影响自身权益。
若您已出现上述错误或对处理方式存疑，建议及时咨询专业律师获取针对性指导。
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保底工资与五险的处理存在以下特殊情况，会影响最终结果：
1. 灵活就业人员的例外：若员工属于灵活就业人员（未与单位建立劳动关系），则需自行缴纳五险，不存在单位从保底工资代扣的情况，此时保底工资即为实发工资；
2. 政策调整导致缴费比例变化：部分地区会根据政策调整五险个人缴费比例，若调整发生在合同履行期间，单位需按新比例从保底工资中扣除，可能导致实发工资减少，员工需关注当地政策变化；
3. 保底工资低于最低工资标准：若保底工资扣除五险后低于当地最低工资，单位需补足差额至最低工资标准。例如，当地最低工资2000元，员工保底工资2200元，五险个人扣除300元，实发1900元，单位需额外支付100元补足至2000元。
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针对“保底工资是否除去五险”的问题，可依据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定进行法律分析。
根据2018修正的《中华人民共和国社会保险法》第六十条：“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费……职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。” 保底工资属于员工的应发工资范畴，只要未明确约定为税后实发，单位就有权从保底工资中代扣个人应缴的五险费用。例如，若员工保底工资为5000元，当地五险个人缴费比例为10%（500元），则实发工资为4500元，符合法律规定。因此，保底工资默认包含五险个人承担部分，需扣除后发放。

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